SEZON 1

odcinek 1
Yankee White
Zastępca

W odcinku pilotażowym przedstawiona zostaje śmierć komandora Trappa- jednego z adiutantów prezydenta Stanów Zjednoczonych pracującego w zastępstwie na Air Force One. Sprawę prowadzi NCIS przy współpracy FBI i agentki Kate Todd z tajnych służb. Wszystko wskazuje na to, że komandor zmarł śmiercią naturalną w skutek udaru. Po jakimś czasie umiera agent, który miał pierwotnie służyć przy prezydencie. Abby odkrywa, że oboje zostali zamordowani.

odcinek 2
Hung out to dry
Zamiana

Do NCIS zostaje przyjęta Kate Todd. Ofiarą pierwszej sprawy z jej udziałem jest sierżant Larry Fuentes. Podczas skoku z samolotu nie udało mu się otworzyć spadochronu i nie wiadomo dlaczego nie użył zapasowego. Okazuje się, że sierżant w tajemnicy przed dowódcami brał leki przeciwbólowe, które uśpiły go w czasie lotu. Z czasem ekipa dowiaduje się, że linki dziewięciu spadochronów, w tym spadochronu sierżanta, zostały zniszczone kwasem siarkowym.

odcinek 3
Seadog
Wilk morski

Ofiarą jest komandor porucznik Farrell. Zginął na skutek postrzału, a jego zwłoki morze wyrzuciło na plażę razem z dwoma martwymi dilerami narkotyków. Przy jednym z nich znaleziono fałszywe banknoty. Gibbs nie wierzy, że komandor przemycał narkotyki i próbuje udowodnić jego niewinność. Wkrótce FBI dokonuje odkrycia rzucającego nowe światło na sprawę.

odcinek 4
The immortals
Nieśmiertelny

Ekipa z NCIS rozwiązuje na okręcie sprawę morderstwa dziewiętnastoletniego marynarza, Russella MacDonalda. Znaleziono go na dnie oceanu ubranego w mundur galowy, ze szpadą oficerską i ciężarkami. Znaleziono przy nim także status gracza, który sugerował, że marynarz „wciągnął się” w jakąś grę w sieci. Ponadto od lekarza okrętowego Kate dowiaduje się, że MacDonald miał tajemniczego przyjaciela.

odcinek 5
The curse
Klątwa

W parku przypadkiem zostaje znaleziony zaginiony zasobnik floty ze zmumifikowanym ciałem w środku. Z czasem okazuje się, że ofiarą jest kapitan Mark Schilz, którego podejrzewano o kradzież 1,5 miliona dolarów z sejfu, i który zaginął w 1994 roku. Ekipa Gibbsa dowiaduje się, że drugi mąż żony kapitana służył z nim we flocie.

odcinek 6
High seas
Na morzu

Dawny partner Gibbsa prosi go o pomoc w rozwiązaniu sprawy na lotniskowcu- jednego z żołnierzy pracujących na nim znaleziono nagiego w lodówce z bardzo wysoką gorączką. Wszystko wskazuje na to, że przedawkował metamfetaminę, ale on upiera się, że nie bierze, co wykazały też badania przeprowadzone kilka tygodni wcześniej. Ekipa z NCIS próbuje znaleźć dilera. Tymczasem Tony martwi się o relacje Gibbsa z jego byłym współpracownikiem.

odcinek 7
Sub Rosa
Zastępstwo

W beczce pełnej kwasu przypadkiem znalezione zostają zwłoki niezidentyfikowanego żołnierza. Dzięki fragmentowi tatuażu w kształcie delfina Abby odkrywa, że zabity pływał na okręcie podwodnym. Bazując na tym, że na okrętach nikogo nie brakuje, ekipa podejrzewa, że morderca ukradł ofierze tożsamość. Gibbs i Kate trafiają na jeden z okrętów podwodnych, aby przeprowadzić śledztwo.

odcinek 8
Minimum security
Minimalne bezpieczeństwo

W samochodzie zostaje znaleziony martwy bosman Matt Khalil Sa’ id. Przyczyną śmierci był krwotok wywołany szmaragdami w przełyku- bosman połknął je i przemycał do USA z Guantanamo. W jego bagażu zostają znalezione listy od agentki specjalnej Pauli Cassidy. W ramach śledztwa Gibbs, Tony i Kate lecą na Kubę. Agentka Cassidy od razu wpada w oko DiNozzo.

odcinek 9
Marine down
Po pogrzebie

Na pogrzebie oficera piechoty morskiej Jima Kidwella do jego żony dzwoni ktoś, kto podaje się za zmarłego. Dowódca jego i Craiga Peary’ ego, który zginął razem z Kidwellem, uważa, że ich śmierć nie miała związku z tajnym zadaniem, które wykonywali- sądzi, że zostali otruci. Badania wykazują, że do żony naprawdę dzwonił oficer, jednak w trumnie są jego zwłoki.

odcinek 10
Left for dead
Żywcem pogrzebana

W parku turysta spotyka kobietę cudem ocalałą po tym, jak ktoś pogrzebał ją żywcem. Nie miała przy sobie żadnych dokumentów i nie pamięta kim jest, ale jest pewna, że na jakimś okręcie jest podłożona bomba. Na jej ubraniu Abby znajduje ślady materiałów wybuchowych. Kate pozwala kobiecie zamieszkać u siebie i najbardziej z całej ekipy stara się jej pomóc.

odcinek 11
Eye spy
Oko szpiega

Dwóch analityków przypadkiem zauważa morderstwo przez satelitę i anonimowo zawiadamiają o nim służby. Ofiarą jest komandor podporucznik Thomas Egan. Razem z nim zniknął prototyp ręcznego sonaru, który badał zamordowany. NCIS poszukując osób, które zawiadomiły policję, trafiają do CIA. Ducky ustala, że morderca był leworęczny.

odcinek 12
My other left foot
Moja inna lewa stopa

W małym miasteczku znaleziono ludzką nogę w skarpetce. Na kończynie znajduje się tatuaż, który wykonują sobie żołnierze marynarki wojennej. Abby odkrywa nasiona drzewa w skarpetce ofiary. Prześwietlenie wykazuje, że w nodze znajduje się tytanowa proteza kostki. Numer seryjny protezy doprowadza agentów do lekarza. Ofiarą okazuje się być starszy szeregowiec Thomas Dorn teoretycznie zmarły dwa lata wcześniej na zawał serca.

odcinek 13
One shot, one kill
Snajper

Ekipa z NCIS rozwiązuje sprawę morderstwa starszego sierżanta Alvareza. Mężczyzna zginął zastrzelony przez snajpera. Okazuje się, że sierżant werbując żołnierzy wmawiał im rzeczy niemożliwe. Niedługo po pierwszym morderstwie ginie kolejny werbownik. Na obu miejscach zbrodni NCIS znajduje białe piórko, które jest prawdopodobnie „wizytówką” zabójcy. Gibbs i Kate pracują pod przykrywką, aby go złapać.

odcinek 14
The good Samaritan
Miłosierny Samarytanin

Zamordowano komandora podporucznika Juliusa. Znaleziono go niedaleko porzuconego samochodu przy drodze ze związanymi rękami. Okazuje się, że jakiś czas wcześniej miało miejsce identyczne morderstwo. Wkrótce dochodzi do trzeciego zabójstwa. W śledztwie uczestniczy szeryf Charlene Dupray.

odcinek 15
Enigma
Zagadka

W zasadzkę w Iraku wpada samochód wiozący 2 miliony dolarów. Kierowca ginie, a oficer Ryan, który służył z Gibbsem, zniknął razem z pieniędzmi. Okazuje się, że pułkownik wrócił do kraju i zmienił nazwisko. Ryan przysyła Gibbsowi list z informacją, że pieniędzmi z Iraku opłacane są nielegalne operacje. Ekipa trafia do domku letniskowego pułkownika. Znajdują w nim zwłoki mężczyzny. Gibbs jest pewien, że to nie Ryan zabił.

odcinek 16
Bete Noire
Bete Noire

W środku nocy do kostnicy NCIS zostają wezwani Ducky i Gerald, aby przeprowadzili sekcję zwłok oficera marynarki przysłanego przez ambasadę Izraela. Jednak zamiast martwego żołnierza w worku znajduje się żywy mężczyzna z bronią. Niszczy kamerę w prosektorium i terroryzuje Ducky’ ego i Geralda. W tym samym czasie ekipa przeszukuje mieszkanie zabitego mężczyzny, który, według informatora, miał zaatakować bazę. Nikt nie podejrzewa, że w kostnicy dzieje się coś złego, dopóki Ducky nie każe Abby przywieźć wszystkich dowodów ze sprawy do prosektorium. Zamiast niej jednak na dół zjeżdża Kate.

odcinek 17
The truth is out there
Tam jest prawda

W klubowej toalecie z podwieszanego sufitu spada ciało bosmana Chrisa Gordona. Jego pokój został przez kogoś przeszukany, ale Gibbs znajduje ukryte 40 tysięcy dolarów. Gordon był w klubie z czterema przyjaciółmi. Wszyscy zeznają bardzo zgodnie- dla Gibbsa zbyt zgodnie. Okazuje się, że „muszkieterowie” kłamali- bosman nie wyszedł z klubu z kobietą. Tymczasem Gibbs wciąż szuka terrorysty.

odcinek 18
UnSEALed
Komandos

Z więzienia ucieka były komandos Jack Curtin, potem włamuje się do domu i kradnie ubranie. NCIS musi ustalić, co zamierza. Gibbs każe Kate chronić syna Curtina. Zbieg przyjeżdża, aby się z nim pożegnać i z pomocą chłopaka udaje mu się uwięzić agentkę Todd. Mimo, że McGee uwalnia ją, kiedy Curtin jest jeszcze z synem, udaje mu się zbiec.

odcinek 19
Dead man talking
Wskazówki z zaświatów

Zostaje zamordowany agent Chris Pacci. Pracował w NCIS i niedawno prosił Gibbsa o pomoc w sprawie. Jego ciało znaleziono w windzie, kiedy na piętrze włączył alarm. Agenta „wypatroszono”, ale przyczyną śmierci był postrzał w tętnicę szyjną. W przełyku Pacciego  Ducky znajduje kartę pamięci z aparatu cyfrowego. Okazuje się, że agent pracował nad sprawą wypadku sprzed 3 lat, kiedy zginął komandor Voss podejrzewany o kradzież.

odcinek 20
Missing
Zaginiony

Zaginął sierżant korpusu piechoty morskiej Bill Atlas. Gibbs, Kate i Tony trafiają do baru, gdzie porzucono jego samochód. Dowiadują się, że nie był tam sam, tylko z rudą kobietą. Na miejscu znajdują zapalniczkę Atlasa, co według Gibbsa oznacza, że go uprowadzono. Ekipa z NCIS śledzi podejrzanego, co najgorzej kończy się dla Tony’ ego.

odcinek 21
Split decision
Niezdecydowanie

Kilku chłopaków przypadkiem znajduje martwego niezidentyfikowanego żołnierza. W ciało wbity jest drewniany kołek, ale to nie on zrobił dziurę w brzuchu zabitego, tylko granatnik. Ducky odkrywa, że żołnierz był bokserem. Po otrzymaniu akt okazuje się, że ofiarą jest sierżant Thomas Grinn, który przed śmiercią zajmował się sprawdzaniem, czy broń używana w wojskowych operacjach nadaje się do użytku. Wkrótce ekipa znajduje dowody, które wskazują, że zabity był zamieszany w nielegalny handel bronią.

odcinek 22
A weak link
Słabe ogniwo

W czasie ćwiczeń przed tajną operacją dowódca grupy, kapitan Rick Johnson, spada ze skalnej ściany. Powodem upadku było pęknięcie karabinka. Po badaniach okazuje się, że został wykonany z innej, gorszej substancji, co świadczy o tym, że śmierć kapitana nie była przypadkowa. Podejrzewany jest bosman, któremu zabity dawał w kość.

odcinek 23
Reveille
Pobudka

Ekipa z NCIS próbuje ustalić tożsamość terrorysty z Hamasu, który miesiąc wcześniej wziął jako zakładników ludzi Gibbsa i postrzelił Geralda. Tony próbuje się umówić z piękną Szwedką, Martą. Tymczasem Kate rozpoznaje na ulicy mężczyznę, który ją przetrzymywał i aby go dogonić wsiada do przypadkowego samochodu, nie wiedząc, że to podstęp terrorysty. W tym czasie Ducky przypomina sobie, że porywacz znał się na anatomii i dzięki temu ekipie udaje się go zidentyfikować jako absolwenta szkoły medycznej w Edynburgu Ariego Haswari.