SEZON 5

odcinek 1
Bury your dead
Pogrzebać poległych

Okazuje się, że Jeanne jest córką La Grenouille’a. Spotyka się on z dziewczyną i z Tonym, który, przeczuwając, że został rozszyfrowany, dzwoni z alarmowego numeru do pani dyrektor. Jenny wreszcie wyjawia Gibbsowi, Zivie i Timowi, że związek Tony’ego i Jeanne był przykrywką. Gdy ekipa obserwuje przez satelitę auto DiNozzo, ono nagle wybucha. Wszystko wskazuje na to, że agent zginął.

odcinek 2
Family
Sprawy rodzinne

Ekipa z NCIS rozwiązuje śledztwo dotyczące śmierci Christophera Munoza. Wygląda na to, że mężczyzna jadąc samochodem przypadkiem wpadł w przydrożną barierkę. Okazuje się jednak, że przyczyną śmierci był postrzał. Wkrótce przy Munozie Ducky znajduje zwłoki dziewczyny. Z czasem wychodzi na jaw, że była w ciąży i urodziła chwilę przed tym, jak ją zamordowano. Tymczasem Ziva próbuje zmusić Tony’ego do zwierzeń na temat Jeanne.

odcinek 3
Ex-file
Była żona

Zamordowany zostaje kapitan marynarki wojennej. W śledztwie bierze udział pułkownik Hollis Mann, kochanka Gibbsa. Wychodzi na jaw, że zamordowany miał dostęp do ściśle tajnych informacji wojskowych i są one zaszyfrowane na jego komputerze. Wkrótce okazuje się, że świadkiem w sprawie jest eksżona Gibbsa, która była na randce z podejrzanym.

odcinek 4
Identity crisis
Sprawa tożsamości

Ducky zabiera Wojskowemu Studium Medycznemu ciało do prowadzenia zajęć. W ich trakcie z mózgu denata, który był uznany za włóczęgę i przypadkową ofiarę, wycieka rtęć. Świadczy to o tym, że mężczyzna został zamordowany. Wkrótce wychodzi na jaw, że mężczyzna przed śmiercią pracował dla FBI.

odcinek 5
Leap of faith
Wątpliwości

Para zauważa mężczyznę stojącego na dachu. Kiedy okazuje się, że jest żołnierzem, Gibbs i reszta podejmują się negocjacji. Kiedy Jethro w końcu udaje się przekonać go, żeby zszedł z dachu, ktoś do niego strzela i żołnierz ginie. Jego dowódca uważa, że zabito go przez jego pracę- mężczyzna złapał kilku agentów Al- Kaidy i w Waszyngtonie szukał kolejnego.

odcinek 6
Chimera
Chimera

Na tajnym okręcie badawczym o nazwie „Chimera” w dosyć niewyjaśnionych okolicznościach ginie żołnierz. Kiedy ekipa Gibbsa dociera na miejsce zbrodni, okazuje się, że na pokładzie nie ma nikogo. Mimo to decydują się zostać i zbadać okręt. Na stołówce znajdują ślady krwi, a w lodówce zwłoki. Wkrótce Ducky odkrywa, że denat prawdopodobnie zachorował na gorączkę krwotoczną i jeżeli ekipa się zaraziła, do świtu będą martwi.

odcinek 7
Requiem
Requiem

Tony wyciąga z tonącego auta Gibbsa i dziewczynę. Na brzegu zaczyna ich reanimować. Wkrótce akcja cofa się o 24 godziny. Do Gibbsa przychodzi przyjaciółka jego tragicznie zmarłej córki, Maddie. Dziewczyna prosi go o pomoc w sprawie prześladującego ją chłopaka. Jethro przegania faceta, ale on wkrótce wraca i z niewiadomych powodów porywa Maddie. Tymczasem do Gibbsa powracają wszystkie wspomnienia dotyczące Kelly.

odcinek 8
Designated target
Ruchomy cel

Zamordowani zostają admirał i taksówkarz, z którym jechał. Okazuje się, że nie zginęły żadne tajne akta żołnierza. Prawdopodobnie mordercy śledzili taksówkę. Ducky odkrywa, że kierowcy zdjęto odciski palców, co wskazuje, że to nie admirał był celem, ale taksówkarz. Wychodzi na jaw, że mężczyzna pracował na czarno w korporacji, a także, że mordercy zabrali kierowcy rodzinne zdjęcie z portfela.

odcinek 9
Lost and found
Zaginiony i znaleziony

Abbs prowadzi lekcję z dzieciakami. Pokazując im, jak działa skaner odcisków palców, pobiera je od jednego z chłopców, Carsona. Po chwili na ekranie komputera pokazuje się komunikat, że dzieciaka uprowadzono. Wkrótce okazuje się, że jego ojciec prowadzi obóz w głuszy i nie można się z nim skontaktować. Ekipa przyjeżdża do jego drugiej zony, macochy Carsona. Ta upiera się, aby oddali jej chłopca, jednak ekipa nie może tego zrobić. Wychodzi na jaw, że ojciec Carsona prawdopodobnie się ukrywa, ale nie z powodu uprowadzenia syna, ale dlatego, że jest podejrzewany o morderstwo.

odcinek 10
Corporal Punishment
Kara

Ze szpitala psychiatrycznego w Bethesda ucieka chory na zespół stresu pourazowego po wojnie w Iraku żołnierz, Damon Werth. Z ekipą kontaktuje się asystent senatora, który miał odznaczyć kaprala srebrną gwiazdą. Okazuje się, że żołnierz ma zakładnika- swojego lekarza. Agenci wkrótce odnajdują go związanego i zakneblowanego w zamkniętym bagażniku.

odcinek 11
Tribes
Bracia w wierze

Ekipa prowadzi dochodzenie w sprawie śmierci żołnierza korpusu. Mężczyznę znaleziono z raną postrzałową, ale na miejscu zbrodni nie ma wiele krwi. Wkrótce Gibbs i Ziva trafiają do meczetu niedaleko miejsca znalezienia zwłok. Tam spotykają ojca zabitego. Sprzeciwia się on sekcji zwłok syna, Jenny jednak każe Ducky’emu ją zrobić. Doktor, chcąc uszanować wolę rodziny, znajduje rozwiązanie- robi zwłokom rezonans.

odcinek 12
Stakeout
Zasadzka

NCIS dostaje cynk o miejscu ukrycia skradzionego radaru. Ekipa obserwuje magazyny, o których mówił informator. Po pewnym czasie w pobliżu zostają znalezione zwłoki mężczyzny. Wiele wskazuje na to, że była to nieudana transakcja narkotykowa. McGee wchodzi do magazynu, gdzie agenci zamontowali kamerę. Mimo, że odbierając jej sygnał widzą radar, w środku nic nie ma. Tymczasem Ducky ukrywa coś przed resztą.

odcinek 13
Dog tags
Pieski świat

Gibbs, Tony, Ziva i McGee wchodzą z nakazem do domu bosmana. W środku znajdują jego zwłoki i psa. Zwierzę atakuje Tima, a ten do niego strzela. Rany żołnierza wskazują na to, że pogryzł go jego własny pies. Kiedy zostaje przywieziony do NCIS, Abby bardzo się do niego przywiązuje i nie może uwierzyć, że to zwierzę zabiło swojego pana. Ducky spiera się o to z Abbs, bo żaden dowód nie potwierdza jej wersji.

odcinek 14
Internal affairs
Sprawy wewnętrzne

FBI odkrywa ciało La Grenouille’a, wyłącza sygnał w całym NCIS i rozpoczyna śledztwo. Fornell przesłuchuje agentów, aby wydali Jen. Z powodu jej zawieszenia, funkcję dyrektora pełni Leon Vance. Zabrania on Gibbsowi i jego ekipie zajmować się tą sprawą. Jethro, Tim, Ducky i Ziva próbują jednak pomóc Jenny.

odcinek 15
In the zone
Pod ogniem

W Bagdadzie ginie ostrzelany z moździerza kapitan. Jego ciało dociera do NCIS, ponieważ jego żona wymogła na Biurze Sekretarza Marynarki sekcję w Waszyngtonie. Wkrótce Ducky odkrywa, że denata nie zabił pocisk moździerzowy, ale ktoś go zastrzelił. Do Bagdadu zostają wysłani Tony i analityk Nikki Jardine. Tymczasem dyrektorem NCIS nadal jest Vance.

odcinek 16
Recoil
Wątpliwości

Ekipa obserwuje mordercę, który zabija żony żołnierzy i odcina im po palcu. Ziva pod przykrywką umawia się z nim. W mieszkaniu mężczyzny Tony znajduje zwłoki jego ostatniej ofiary. Morderca próbuje zabić Zivę, ale mu się to nie udaje i to ona zabija jego. Agenci próbują zidentyfikować kobietę znalezioną w mieszkaniu zabitego. Abbs odkrywa, że prawdopodobnie był drugi morderca.

odcinek 17
About face
Zmiana poglądów

Na miejscu zbrodni, w czasie, gdy przebywa w nim tylko Palmer, ktoś kradnie paszport zabitego mężczyzny. Jimmy zaczyna gonić złodzieja, ale mężczyzna strzela do niego i ucieka. Patologowi nie udaje się zapamiętać jego twarzy ani skradzionego paszportu. Vance ma pretensje do Palmera, że nie może im pomóc. Okazuje się, że ofiara miała podwójną tożsamość. Tymczasem Abby poddaje Jimmiego hipnozie.

odcinek 18
Judgment day (part 1)
Dzień sądu (część 1)

Jen jedzie do L. A. na pogrzeb emerytowanego agenta specjalnego NCIS Williama Deckera. Aby ją chronić, towarzyszą jej Tony i Ziva. Według autopsji Decker zginął śmiercią naturalną, Jenny odkrywa jednak, że mógł zostać zamordowany. Pozbywa się obstawy, aby nie dowiedzieli się szczegółów sprawy, nad którą pracowała ze zmarłym agentem. W tajemnicy nawiązuje też kontakt z Mikiem Franksem. Tymczasem Gibbs zajmuje się sprawą śmierci Żabojada.

odcinek 19
Judgment day (part 2)
Dzień sądu (część 2)

Tony, Ziva, Mike, Gibbs, Vance, Ducky, McGee i Abby dowiadują się o śmierci Jenny. Jethro domyśla się, że był z nią Franks. Spotyka się z nim, a on opowiada mu o wszystkim, także o tym, że śmierć Deckera miała związek z ich operacją odbywającą się w Paryżu 9 lat wcześniej. Tim także dowiaduje się,  że na miejscu zbrodni był Franks, jednak za rozkazem Gibbsa kasuje wyniki wyszukiwania, aby nie zobaczył ich Vance.