SEZON 3

odcinek 1
Kill Ari (part 1)
Zabić Ariego (część 1)

Gibbs dręczy się myślą, że kula, która zabiła Kate, była przeznaczona dla niego. Przysięga zemstę Ariemu, choć nikt nie ma pewności, że to on strzelał. Do zespołu dołącza Ziva David, agentka Mossadu, a nową dyrektor NCIS zostaje Jenny Shepard, dawna kochanka Gibbsa. Wszyscy szukają dowodu winy Ariego. Ziva jednak nie wierzy, że to on zabił.

odcinek 2
Kill Ari (part 2)
Zabić Ariego (część 2)

Haswari w dalszym ciągu sieje zamęt w szeregach NCIS. Traktuje członków zespołu jak pionki: snajper strzela do Gibbsa i Jen, ktoś wywabia Ducky’ ego z kostnicy. Gibbs podejrzewa Zivę o kontakty z Arim, ale zmienia zdanie, gdy w końcu staje z nim twarzą w twarz.

odcinek 3
Mind games
Szaleniec

Gibbs zostaje wyznaczony do rozmowy w więźniem skazanym na karę śmierci. Ma ustalić miejsce ukrywanych ofiar. Ten z początku nie zgadza się na to, ale w końcu ulega. Plan nie przynosi jednak oczekiwanych rezultatów, a ekipa musi rozwiązać sprawę w inny sposób. Wkrótce jednak dochodzenie przybiera zupełnie nowy obrót.

odcinek 4
Silver war
Wojna domowa

Do zespołu z rozkazu dyrektor Shepard jako oficer łącznikowy Mossadu dołącza Ziva David. Ekipa rozwiązuje sprawę morderstwa zaginionego sierżanta, którego ciało znaleziono w trumnie z czasów wojny secesyjnej. Razem z nim w środku była komórka. Ducky ustala, że sierżanta postrzelono, ale zginął przez uduszenie.

odcinek 5
Switch
Zamiana

We własnym samochodzie zostaje brutalnie zamordowany podoficer marynarki wojennej Jerry Smith. Okazuje się, że mężczyzna „zamienił się miejscami” z byłym kolegą, który zajmował się przewożeniem nielegalnych towarów. Ekipa szuka więc mordercy wśród współpracowników podoficera.

odcinek 6
The voyeur' s web
Podglądacze

W bazie marynarki znika żona kaprala, który przebywa w Iraku. Wszystko wskazuje na to, że ktoś ją porwał, jednak NCIS odkrywa, że kobieta została zamordowana na oczach internautów. Wkrótce ekipa dociera do mieszkania innej kobiety, w którym znajdują ślady krwi. Wkrótce policja odnajduje zwłoki jednej z zaginionych.

odcinek 7
Honor code
Kodeks honorowy

Sześcioletni chłopiec zgłasza NCIS porwanie ojca, porucznika Tannera, przez dwóch mężczyzn. Ekipa podejrzewa, że byli to agenci federalni. Okazuje się, że porwany pracował nad ściśle tajnym projektem o kryptonimie „Honor”, który został skradziony krótko po zaginięciu porucznika. Wychodzi na jaw, że tylko on potrafiłby otworzyć program. Wszystko wskazuje na to, że porwanie było lipne, Gibbs jednak w to nie wierzy.

odcinek 8
Under covers
W obcej skórze

Zostaje zamordowane małżeństwo profesjonalnych morderców. Tony i Ziva udają ich, próbując znaleźć zleceniodawcę i osobę, którą mają zabić, co prowadzi do bardzo wielu zabawnych sytuacji. Tymczasem Gibbs dowiaduje się, że nie tylko NCIS pracuje nad tą sprawą.

odcinek 9
Frame up
Pułapka

Ekipa z NCIS prowadzi dochodzenie w sprawie śmierci kobiety, której nogi znaleziono w bazie w Quantico. Przy ofierze znaleziono kawałek rękawiczki z częściowym odciskiem, ślady zębów, krew i tapicerkę z bagażnika- wszystko należące do Tony’ ego. Pozostali agenci nie kryją zdumienia, a dla Abby udowodnienie niewinności przyjaciela staje się sprawą osobistą.

odcinek 10
Probie
Praktykant

NCIS rozpoczyna śledztwo, gdy McGee zostaje oskarżony o zabicie policjanta. Dyrektor Shepard zezwala policji na prowadzenie własnego dochodzenia. Gibbs jest wściekły na Jenny i z zespołem postanawia udowodnić, że działania, które podjął Tim, były w pełni uzasadnione.

odcinek 11
Model behavior
Modelki

Ekipa z NCIS prowadzi dochodzenie w sprawie śmierci modelki biorącej udział w reality show kręconym w bazie Korpusu Piechoty Morskiej. Okazuje się, że kobietę zabiła bardzo duża dawka narkotyku, od którego była 2 lata wcześniej uzależniona. Wiele wskazuje na to, że modelka popełniła samobójstwo. Wkrótce umiera kolejna osoba. Tymczasem Jenny jest wściekła na Gibbsa, bo ten nie pojawił się na rozdaniu nagród, choć sam został nagrodzony, i nie chce udzielać wywiadów.

odcinek 12
Boxed in
Kontener

Tony i Ziva prowadzą śledztwo na składowisku, gdzie poszukują kontenera z nielegalną bronią. Wkrótce dochodzi do strzelaniny i oboje zostają zamknięci w jednym z kontenerów. Jeszcze zanim Gibbs się o tym dowiaduje, okazuje się, że przemycana nie była broń, tylko materiały wybuchowe. Tymczasem Tony i Ziva znajdują w kontenerze mnóstwo filmów, które jednak były tylko przykrywką do przewozu fałszowanych banknotów.

odcinek 13
Deception
Podstęp

Uprowadzona zostaje pani porucznik. Zamknięta w bagażniku dzwoni do NCIS i prosi o pomoc. Kobieta była odpowiedzialna za przewóz broni jądrowej, więc ekipa podejrzewa, że porywacz chce ukraść broń. Tymczasem Abby próbuje namierzyć komórkę pani porucznik.

odcinek 14
Light sleeper
Uśpiona

Zostają znalezione zwłoki dwóch Azjatek, żon marines. Gibbs dowiaduje się, że mąż jednej z kobiet pił i prawdopodobnie bił żonę. Wkrótce ekipa znajduje pijanego mężczyznę. Wszystko wskazuje na to, że to on zabił obie kobiety. Abbs przeszukuje ubrania marine szukając dowodu jego winy. Tymczasem okazuje się, że to nie mężczyzna bił żonę, tylko ona jego.

odcinek 15
Head case
Trudna sprawa

Ekipa Gibbsa aresztuje żołnierzy piechoty morskiej, którzy prowadzili sklep motoryzacyjny, w którym sprzedawali kradzione części. W bagażniku jednego z aut agenci znajdują ludzką głowę. Po zidentyfikowaniu ofiary złodzieje zostają wykluczeni z kręgu podejrzanych. Tony i McGee docierają do domu pogrzebowego, gdzie okazuje się, że zwłoki komandora, którego głowę odnaleziono, poddano kremacji.

odcinek 16
Family secret
Rodzinna tajemnica

W wyniku wypadku samochodowego ginie żołnierz piechoty morskiej, a jego dziewczyna zapada w śpiączkę. Gdy dwóch sanitariuszy chce przewieźć ciało do kostnicy, ich auto staje w płomieniach, a mężczyznom ledwo udaje się uciec. Abby udowadnia, że to nie był wypadek. Wkrótce okazuje się jednak, że to nie zwłoki żołnierza zwęglono.

odcinek 17
Ravenous
Drapieżca

Grupa nastolatków znajduje w parku dla identyfikatory należące do żołnierzy piechoty morskiej, a niedaleko zwłoki mężczyzny- kobieta, z którą był, może nadal żyć. Wszystko wskazuje na to, że zaatakował ich niedźwiedź. Wkrótce jednak Ducky ustala przyczynę zgonu- ofiarę zadźgano.

odcinek 18
Bait
Przynęta

W bazie w Quantico licealista z przymocowaną do siebie bombą przetrzymuje swoich kolegów w charakterze zakładników. Gibbs próbuje porozumieć się z chłopakiem. Wkrótce, aby dostarczyć inhalator chorej na astmę dziewczynie, wchodzi do klasy, gdzie piętnastolatek przetrzymuje zakładników, i tym samym staje się jednym z nich.

odcinek 19
Iced
Zamrożeni

Ekipa z NCIS prowadzi śledztwo w sprawie poczwórnego morderstwa- w zamarzniętym jeziorze dwóch chłopców odnajduje ciała trzech mężczyzn należących do ulicznego gangu i zaginionego żołnierza piechoty morskiej. Okazuje się, że gangsterzy zostali zastrzeleni z broni należącej do sierżanta. Agenci podejrzewają, że, jeżeli to żołnierz ich zastrzelił, motywem mogła być zemsta.

odcinek 20
Untouchable
Nietykalny

Tony i Ziva znajdują zwłoki pani kapitan. Z początku wszystko wskazuje na samobójstwo, Abby jednak znajduje pewnego rodzaju odcisk buta na miejscu zbrodni. Agenci podejrzewają, że kobieta była kretem w Pentagonie. Wkrótce okazuje się, że zaginęła pamięć służbowego pendrive’ a, na którym mogły się znajdować ważne informacje.

odcinek 21
Bloodbath
Rzeź

W pokoju motelowym znaleziono fragmenty ludzkich ciał i krew. Okazuje się, że szczątków nie zostawił zabójca, ale były one odpadkami szpitalnymi, co oznacza, że ktoś wrabia agentów. Tymczasem jeden z dowodów przyniesionych z miejsca zbrodni powoduje skażenie laboratorium Abby. Ekipa podejrzewa, że ktoś na nią poluje. Jedyny podejrzany ma alibi. Potem jednak, gdy Abbs przebywa w domu Tima, przychodzi do niej.

odcinek 22
Jeopardy
Zagrożenie

Umiera podejrzany nad którym Ziva sprawowała pieczę. Agentka jest w szoku. Niestety ekipa musi ją podejrzewać o zabicie mężczyzny. Jego brat nie wie, że facet zmarł, i porywa dyrektor Shepard z nadzieją, że odda mu jego heroinę, którą zabrano z miejsca zbrodni, i brata.

odcinek 23
Hiatus (part 1)
Przerwa w życiorysie (część 1)

Gibbs zostaje ranny w wyniku zamachu terrorystycznego. Kiedy długo nie odzyskuje przytomności, zespół próbuje pracować normalnie, lecz wszyscy są przygnębieni. Tony zaczyna się zachowywać jak szef, co denerwuje resztę ekipy. Jenny i Abbs jadą do szpitala. Lekarze podejrzewają, że Gibbs nie chce wybudzić się ze śpiączki. Dyrektor dowiaduje się, że to samo zdarzyło mu się wiele lat temu. Tymczasem do Gibbsa zaczynają powracać wspomnienia, które wyrzucał z pamięci przez lata, dotyczące śmierci żony i córeczki.

odcinek 24
Hiatus (part 2)
Przerwa w życiorysie (część 2)

Gibbs budzi się ze śpiączki, ale okazuje się, że ma częściową amnezję- stracił ostatnie 15 lat i wydaje mu się, że został wybudzony ze śpiączki, w którą zapadł po zamachu w Kuwejcie. Nie poznaje nikogo z zespołu. Jen znajduje agenta Mike’a Franksa, który bardzo dobrze znał Gibbsa w tamtych czasach, i prosi go o pomoc.